Sotilasoikeudenkäyntiasiat käsitellään yleisissä tuomioistuimissa rikosasioista säädetyssä järjestyksessä noudattaen lisäksi, mitä tässä laissa säädetään. Sotaoikeuksista säädetään 6 luvussa.

Sotilasoikeudenkäyntiasioita käsitteleviä alioikeuksia ovat Helsingin, Kainuun, Kanta-Hämeen, Kymenlaakson, Lapin, Länsi-Uudenmaan, Satakunnan ja Varsinais-Suomen käräjäoikeudet. Muutoksenhakutuomioistuimena niiden päätöksistä on Helsingin hovioikeus.