Arvonlisäverottomasta liikevaihdosta vähennetään lisäksi seuraavat arvonlisäverottomat osuudet:

Jos apteekilla on yksi tai useampi sivuapteekki ja apteekin ja sen sivuapteekkien, palvelupisteiden, verkkopalvelun ja lääkekaappien 1 a §:n mukaan määräytyvä yhteenlaskettu liikevaihto on yli 3 500 000 euroa, apteekkimaksu lasketaan mainitusta yhteisestä liikevaihdosta tämän pykälän 4 momentin taulukon perusteella. Tällöin sivuapteekin liikevaihdosta, josta on vähennetty 1 a §:n 2 momentissa tarkoitettu myynti, vähennetään lisäksi kolmasosa, kuitenkin vähintään 50 500 euroa ja, jos sivuapteekin liikevaihto jää alle 50 500 euron, koko liikevaihto ennen sivuapteekin liikevaihdon lisäämistä yhteiseen liikevaihtoon. Edellä säädetty ei kuitenkaan koske sivuapteekkeja, joiden liikevaihto viisi vuotta perustamisvuoden jälkeen vastaa vähintään puolta maan yksityisten apteekkien edellisen vuoden liikevaihdon keskiarvosta, johon ei lasketa mukaan sivuapteekkien liikevaihtoa.