Apteekkimaksu suoritetaan tilisiirrolla aluehallintovirastolle yhdessä tai useammassa erässä siten kuin Lääkealan turvallisuus- ja kehittämiskeskus määrää. Helsingin yliopiston apteekin apteekkimaksu suoritetaan Helsingin yliopistolle ja Kuopion yliopiston apteekin apteekkimaksu Kuopion yliopistolle. Lääkealan turvallisuus- ja kehittämiskeskuksen tulee ennen elokuun alkua sen vuoden jälkeisenä vuonna, jolta maksu on määrätty, lähettää aluehallintovirastolle luettelo aluehallintoviraston toimialueella suoritettavista apteekkimaksuista.

Milloin valitusviranomainen on poistanut apteekkimaksun tai alentanut sitä, aluehallintoviraston on maksettava liikaa suoritettu määrä asianomaiselle takaisin kuuden prosentin vuotuisine korkoineen maksupäivästä takaisinmaksupäivään saakka.

Jos apteekkimaksua muutoin on suoritettu enemmän kuin on määrätty maksettavaksi, aluehallintoviraston on hakemuksesta palautettava liikaa suoritettu määrä 1 momentissa mainituin tavoin laskettuine korkoineen asianomaiselle.

Jos apteekkimaksu on väärin ilmoitetun liikevaihdon johdosta määrätty liian vähäiseksi, on apteekkimaksu oikaistava ja lisää maksettava määrä pantava apteekkarin maksettavaksi. Maksua ei kuitenkaan saa oikaista, jos on kulunut viisi kalenterivuotta sen vuoden lopusta lukien, jolloin oikaistava apteekkimaksu on maksuunpantu tai se olisi pitänyt maksuunpanna.