Valtion taidemuseota johtaa ylijohtaja. Valtion taidemuseolla on työjärjestys, jonka ylijohtaja vahvistaa.

Ylijohtaja ratkaisee myös muut Valtion taidemuseossa ratkaistavat asiat, joita ei ole säädetty tai työjärjestyksessä määrätty taide-museon muun virkamiehen ratkaistaviksi. Valtioneuvoston asetuksella säädetään asioista, joita ei voida työjärjestyksessä määrätä muun virkamiehen ratkaistaviksi.