Vesihuoltoavustuksen myöntää asianomainen alueellinen ympäristökeskus ympäristöministeriön ja maa- ja metsätalousministeriön hallinnonalansa osalta vahvistamien kiintiöiden rajoissa. Avustuksen myöntämispäätöksessä voidaan asettaa avustuksen saajalle hankkeen aloittamista, toteuttamista ja loppuunsaattamista koskevia ehtoja. Vesihuoltoavustuksen hakemismenettelystä ja hakemusten käsittelystä alueellisissa ympäristökeskuksissa säädetään valtioneuvoston asetuksella.

Avustuksen myöntänyt viranomainen valvoo avustuksen käyttöä. Vesihuoltoavustuksen saaja on velvollinen antamaan avustuksen myöntäneelle viranomaiselle valvontaa varten tarpeelliset tiedot, asiakirjat ja muun aineiston.