Apteekkimaksua suoritetaan apteekin liikevaihdon mukaan sen jälkeen kun siitä on vähennetty arvonlisävero.

Sivuapteekin liikevaihdosta vähennetään kolmasosa, kuitenkin vähintään 300 000 markkaa ja, jos sivuapteekin liikevaihto jäisi alle 300 000 markan, koko liikevaihto ennen sivuapteekin liikevaihdon lisäämistä apteekin liikevaihtoon apteekkimaksun määräämistä varten. Tämä ei koske sivuapteekkeja, joiden liikevaihto viisi vuotta perustamisvuoden jälkeen vastaa vähintään puolta maan yksityisten apteekkien edellisen vuoden liikevaihdon keskiarvosta.

Apteekkimaksu suoritetaan postisiirrolla lääninhallitukselle yhdessä tai useammassa erässä siten kuin lääkelaitos määrää. Helsingin yliopiston apteekin apteekkimaksu suoritetaan Helsingin yliopistolle. Lääkelaitoksen tulee ennen heinäkuun alkua sen vuoden jälkeisenä vuonna, jolta maksu on määrätty, lähettää lääninhallitukselle luettelo läänissä suoritettavista apteekkimaksuista.

Vapautetut apteekkimaksun suorittamisesta ovat sotilasapteekit, sairaala-apteekit ja lääkekeskukset.