Hankkeen toteuttamista tarkoittavassa sopimuksessa on tarkemmin määrättävä, millä tavalla ja missä ajassa kunnat, yhteisöt tai teollisuuslaitokset suorittavat niille 4 §:n 3 momentin 3 kohdan mukaan kuuluvat toimenpiteet. Sopimuksen tekee alueellinen ympäristökeskus. Valtion arvioitujen työkustannusten ollessa yli 10 miljoonaa markkaa sopimusluonnos on kuitenkin ennen lopullisen sopimuksen tekemistä saatettava asianomaisen ministeriön hyväksyttäväksi.

Valtion vesihuoltotöiden toteuttamisesta huolehtiminen kuuluu alueellisille ympäristökeskuksille.